Представительства НАИ.РФ открылись в 15-ти субъектах Российской Федерации – в Санкт-Петербурге и Ленинградской области, Республике Карелия, Приморском крае, Карачаево-Черкесской Республике, Республике Крым и в городе Севастополе, Ростовской области, Краснодарском крае, Удмуртской Республике, Ульяновской, Самарской, Белгородской, Костромской, Орловской и Ярославской областях. Во главе территориальных подразделений НАИ.РФ встали общественные деятели, успешные предприниматели, имеющие опыт реализации проектов в формате инвестиционных соглашений, формате концессий, ГЧП.
Приоритетными направлениями деятельности региональных подразделений НАИ.РФ является взаимодействие с органами государственной власти и органами местного самоуправления, общественными объединениями, СМИ по консолидации усилий, направленных на реализацию уставных целей Ассоциации; проведение мониторинга изменений в законодательных и нормативных правовых актах, участие в подготовке НПА в сфере деятельности членов Ассоциации.
Региональные отделения, представительства НАИ.РФ нацелены на содействие инвесторам, членам Ассоциации в субъектах РФ, в осуществлении ими долгосрочных инвестиций; представляют экономические, правовые и имущественные интересов членов Ассоциации в государственных органах власти, общественных объединениях, коммерческих предприятиях и организациях.